Flutuando no espaço profundo com o campo de força da cidade prestes a falhar, a equipe precisa fazer tudo o que puder para manter Atlantis ativa. Ferimentos graves ameaçam a vida da Dra. Weir.

Coronel Sheppard e sua equipe embarcam em uma arriscada missão para roubar um Z.P.M. dos Replicators. Samantha Carter e a Apollo correm contra o tempo para encontrar Atlantis.

Um grupo de compatriotas de Ronon apóia a equipe na invasão de um depósito de armas dos wraiths, onde eles se vêem no meio de um conflito com um inimigo inesperado.

Durante uma missão externa, Coronel Sheppard involuntariamente se torna o hospedeiro de uma entidade alienígena, que infecta outros em Atlantis e os atormenta com pesadelos assustadores.

Coronel Sheppard é capturado por tripulantes de uma nave generativa e sua linda líder, que desejam fazer uso de sua habilidade em usar a tecnologia dos antigos para seus próprios fins.

Quando um vírus causa amnésia em todos, exceto Teyla e Ronon, a equipe de Atlantis tem que trabalhar unida para encontrar uma cura, antes que suas memórias desapareçam completamente.

Durante uma visita ao novo Athos, Teyla e a Dra. Keller encontram-se em fuga de uma tribo primitiva de guerreiros.

Enquanto procuram os Athosianos, a equipe depara-se com um homem com habilidades proféticas extraordinárias que lhes dá uma sombria previsão sobre o futuro de Atlantis.

McKay vai à procura de sua irmã na Terra após que ela ter sido seqüestrada pelo líder de uma poderosa corporação.

Um misterioso drone cai em Atlantis, indicando que os replicadores podem ter encontrado a cidade. Mas quando Elizabeth Weir aparece, a equipe percebe que a sonda é apenas uma parte de um mistério ainda maior.

411

Com um plano para extinguir a ameaça dos replicadores, a equipe de Atlantis tem que buscar aliança com uma frota de naves wraith.

A equipe encontra a nave colméia de seu aliado wraith à deriva no espaço. O que os conduz a um projeto secreto que poderia alterar drasticamente a sorte de uma guerra civil.

Um isolamento automatizado aprisiona as pessoas de Atlantis em várias partes da cidade. Cada grupo espera que outros venham resgatá-los.

Coronel Sheppard e Dr. McKay têm que proteger uma princesinha em uma peregrinação, antes dela se  tornar a rainha e descobrem que ela tem inimigos perigosos que ameaçam sua vida.

Durante licença pessoal na Terra, Sheppard e Ronon descobrem que cientistas criaram uma forma humana de replicador - que agora está sem controle.

McKay, Carter e Keller são aprisionados em uma câmara subterrânea durante uma missão, aparentemente sem possibilidades de fuga.

Teal'c visita Atlantis para aconselhar Ronon, que será avaliado pelo Comitê. Mas a avaliação deve ser descartada, quando os wraiths têm como destino a estação da Ponte Carter-McKay

Enquanto uma nova e misteriosa doença varre a Galáxia de Pegasus, Teyla é convencida por uma visão que o pai de seu filho está tentando comunicar-se com ela.

A equipe fica maravilhada quando um velho amigo, que todos acreditavam estar morto, milagrosamente aparece. Teyla, aprisionada por Michael, planeja como fugir.

Sheppard volta à Atlantis depois de uma missão e encontra a cidade abandonada, todos os sistemas desligados e ao invés de oceano, dunas de areia até onde se pode ver.